1、导致细菌产生耐药性；长期滥用兽用抗生素，易诱发病原菌变成高度耐药性和适应性的“超级细菌”。超级细菌的耐药性可在不同菌属之间水平传播，通过质粒、转座子和噬菌体等，并且可携带一种或多种抗性基因。耐药性菌株通过耐药基因的转移、扩散、传播、传代、变异可形成高度和多重耐药性菌株。

2、在畜牧业生产中长期滥用青霉素类、氨苄西林、氟苯尼考及头孢噻呋等抗生素，对动物肠道内的正常菌群会产生严重的干扰作用，常诱发动物胃肠道二重感染。又如大剂量使用四环素类药物，可引起耐四环素药物的细菌及变形菌异常繁殖，导致动物机体出现严重的二重感染。

3、长期滥用抗生素，严重破坏了动物肠道菌群平衡和胃肠道黏膜免疫系统的功能，导致胃肠道对营养物质消化吸收机能障碍，进而影响到动物机体健康和免疫反应，使其免疫力降低，抗病力下降，易诱发各种疾病的发生，危害着动物机体的健康。还会引起畜禽肝肾功能异常、过敏性休克等副作用；

4、饲料中添加有抗生素饲料添加剂、中兽药产品中加有抗生素、疫苗中加抗生素防腐、抗菌药物与抗病毒药物组方使用、多种抗生素联合使用导致了抗生素在动物体内严重残留。抗生素进入动物体内，只有少部分可被动物内脏器官吸收利用，有60％~90％会以原药或代谢的形式随粪尿排出体外。动物体内残留的兽药不仅会严重影响到动物的生长繁殖与生产性能的发挥，而且会降低畜禽水产品的品质，直接影响动物性食品质量。