目前，水稻食用安全的主要污染因素主要包括有毒有害细菌、植物种子、真菌毒素、重金属等污染物、农药残留等四个方面： 一是有毒有害菌类、植物种子。主要包括毒麦、曼陀罗种子等有毒植物种子。其有毒成分主要是黑麦草碱、毒麦灵等生物碱。 二是真菌 目前，水稻食用安全的主要污染因素主要包括有毒有害细菌、植物种子、真菌毒素、重金属等污染物、农药残留等四个方面： 第一，有毒有害菌类和植物种子。主要包括毒麦、曼陀罗种子等有毒植物种子。其有毒成分主要是黑麦草碱、毒麦灵等生物碱。 二是真菌毒素。黄曲霉毒素B1和赭曲霉毒素A在大米中很常见。黄曲霉毒素不仅具有很强的致癌性，而且具有显著的毒性积累。一旦被误食进入体内，就开始在肝脏等器官中积累。目前还不能排毒，是已知致癌性最强的致癌物；赭曲霉毒素A是曲霉和青霉的某些菌种产生的二次代谢产物，具有遗传毒性，可对DNA造成损害和突变，直接危害人体健康。 第三，重金属和其他污染物。大多数金属在体内积累，半衰期长，可产生急性和慢性毒性反应，也可能产生致畸、致癌和突变。镉是最严重的重金属污染，其次是汞、铅等，非金属砷的污染不容忽视。第四，农药残留。过量使用农药时，残留量超过最大限度（MRL）通过食物链对生态系统中的生物产生不利影响或毒害。目前，水稻生产中广泛使用的农药主要包括有机磷、有机氯、菊酯、氨基甲酸酯等除草剂。