(1)提高土壤肥力。这是微生物肥料的主要作用，如各种自生、联合或共生固氮生物肥料，可固定空气中的氮，增加土壤中的氮含量；硅酸盐细菌等多种分解磷钾矿物的微生物可以分解 土壤中的钾长石、云母和磷矿，使不溶性磷、钾有效化。 （2）制造 (1)提高土壤肥力。这是微生物肥料的主要作用，如各种自生、联合或共生固氮生物肥料，可固定空气中的氮，增加土壤中的氮含量；硅酸盐细菌等多种分解磷钾矿物的微生物可以分解 土壤中的钾长石、云母和磷矿，使不溶性磷、钾有效化。 （2）制造和协助作物吸收营养。部分菌肥施用后，由于微生物的活性，不仅可以增加土壤的有效营养，还可以产生多种激素和维生素，促进作物的生长；根瘤菌肥中的根瘤菌向豆科植物提供的氮占其生命需求的30%~80%；VA菌根是一种能与多种植物根共生的土壤真菌，其菌丝长出根部，各种植物可以吸收更多的营养，其中磷的吸收最为明显。 (3)增强植物的抗逆性。接种一些微生物肥料菌种后，由于在作物根部大量生长繁殖，可以分泌抗真菌和细菌的抗生素，抑制各种细菌的生长。VA菌根的菌丝不仅能吸收有利于作物生长的营养元素，还能增加作物对水分的吸收，提高作物的抗旱性。