(1)微生物肥料必须选用质量合格的产品，不能使用质量差、过期的产品。必须保存在低温(最适宜温度4~10℃)、阴凉、通风、避光，避免失效。 (2)为尽量减少微生物死亡，施用过程中应避免阳光直射；拌种时要适量加水，使种子完全吸附。搅拌后，应及时播种和覆土 (1)微生物肥料必须选用质量合格的产品，不能使用质量差、过期的产品。必须保存在低温(最适宜温度4~10℃)、阴凉、通风、避光，避免失效。 (2)为尽量减少微生物死亡，施用过程中应避免阳光直射；搅拌时应适量加水，使种子完全吸附。搅拌后，应及时播种和覆盖土壤，不得与农药和化肥混合。 (3)酸性土壤中直接施用菌肥效果较差，应配合施用石灰、草木灰等，以加强微生物活性。 （4）微生物生长需要足够的水，但过多的水会导致通风不良，影响气性微生物的活动。因此，必须注意及时排水和灌溉，以保持土壤中适量的水分。 （5）微生物肥料中的微生物大多具有良好的气性，如根瘤菌、自生固氮菌、磷细菌等。因此，细菌肥料的应用必须与改善土壤和合理耕作相结合，以保持土壤松散和良好的通风。 (6)微生物活动需要能量消耗。有机质是微生物的主要来源，可以分解有机质供应微生物养分。因此，施用生物肥料时必须配合施用有机肥料。 (7)微生物生长需要多种营养物质。因此，必须提供足够的氮、磷、钾和微量元素。例如，在豆类作物生长的早期，必须提供适量的氮，促进作物生长和根瘤发育，提高固氮量；磷肥可以发挥“磷氮”的作用；适量的钾钙营养有利于微生物的大规模繁殖；钼是根瘤菌合成固氮酶的基本元素，钼肥和根瘤菌肥可以显著提高固氮效率。