接种是将人工培养的菌丝体种在晒干的穗条上，使其在穗条中发育定植，长出子实体。这是黑木耳人工栽培最关键的工序。世界重大技术创新，见效快，产量高。

接种时，先对耳场和耳棒进行消毒（用消毒液或火，用过的工具用酒精或开水消毒，用肥皂水手工清洗。选择阴凉处，不要让细菌暴露在阳光直射下，并且避免在下雨天进行。

接种时间一般为2月至5月上旬，秋季可在白露至寒露之间进行。接种时，根据其种类，使用不同的工具，如树枝种、三角木种等；可用砍花斧削口，将木屑和树枝或三角木放入削口内，用斧背轻轻拧紧，以免妨碍接种。原则是脱落；木屑、粒状种子可用10mm电钻、打孔器或空心冲头钻孔，将菌塞入孔内，盖上树皮盖，轻轻拧紧。

种植密度一般为行距2英寸，株距2.5-3英寸。它们可以排列成“针”形，也可以交错成梅花形。耳棒两端的密度要高，这样菌丝才能迅速占据位置，避免细菌的侵入。点植深度要通过树皮进入木质部3-4分钟。