天麻花授粉后，子房逐渐增大，蒴果淡褐色或粉红色，长椭圆形，有6条纵棱。每个胶囊中有10,000至50,000颗种子，最多可达80,000颗种子。种子很小。它呈粉末状，肉眼难以识别其大小和形状。在显微镜下观察，成熟的种子呈纺锤形，长0.6-1毫米，宽0.14-0.2毫米。胚胎长170-180 微米。种皮白色半透明，翅状，由薄壁细胞组成，无胚乳，胚呈浅褐色或深褐色，无深褐色者为未成熟种子，称为菝子。成熟的天麻种子在显微镜下观察其横截面和纵截面分别为椭圆形和圆形。

天麻从抽芽到开花一般需要21-30天，从开花到果实完全成熟需要27-35天。胶囊自然裂开后的种子，如果时间过长，种子的发芽率会明显降低。因此，不要等到胶囊自然裂开后再收集种子。以囊皮表面有光泽、纵沟凹陷不明显、手指稍软为宜采种。这时候果皮快裂开了，还没有裂开。剥去果皮后，大部分种子散落，很容易抖出来。种子是奶酪色的。这种种子的发芽率比自然开裂的种子高60%以上。因此，当发现荚膜下部棱线处有裂缝时，可将其剪掉，及时抖出种子播种。最好将种子摇入蜜环菌的液体菌种中，然后播种。