受生态条件和气象因素的影响，棉苗病虫害种类多、发展快、为害严重。常造成棉田缺苗断垄，严重时大面积死亡。主要病害有黑根病、红腐病、立枯病、炭疽病、棉蚜、地老虎等。在防治上要及时科学用药，综合防治。

1、农业措施：棉花种植应选择优质、高产、抗病品种，适时播种；二是加强管理，增加基肥，早间间苗，及时定苗，旱季加强灌溉，雨后深耕，提高地温，降低土壤湿度。 增强土壤通风；三是清理棉田及周边杂草，减少病虫害源头。

2、苗期病害早期防治：棉苗在病害防治初期可用50%多菌灵可湿性粉剂600倍液或70%多菌灵可湿性粉剂800倍液喷施；重病田可用40%多菌灵胶体混悬剂或65%代森锰锌可湿性粉剂隔周喷施一次，连喷两次。

3、科学防治蚜虫：夏收后，大量天敌从麦田迁移到棉田。此时可减少化学农药的使用，充分发挥天敌对蚜虫的防治作用。蚜虫严重时，可用10%吡虫啉可湿性粉剂1500倍液或50%抗蚜威可湿性粉剂1000倍液防治蚜虫。同时注意药物交替使用，减缓耐药性的发生。

4、防治地老虎：棉田有老虎时，用50%的辛硫磷兑水1公斤，与炒麦麸或碎棉籽饼5公斤拌成毒饵，沿田面撒布。傍晚起垄或用20%苏米沙丁1500倍液或50%辛硫磷1500倍液，或用800倍力加800倍地克灵喷雾防治。