芒果单胚品种一粒种子只能萌发一株幼苗，而多胚品种则可发芽长成多株幼苗。单胚种子只有一个胚（有性胚），胚大，发育的单苗性强；多胚种子有多个胚，胚较小，发育的多株苗较弱。因此，过去强调使用单胚品种作为砧木。然而，砧木的一致性对于提高芒果的产量和品质非常重要。单胚苗为有性苗，其生长性能差异很大。果园内不同植物长势和产量的巨大差异很可能是由砧木造成的。因此，应选用多胚品种的种子经试验培育砧木苗。过去推荐用果小、果肉少、品质差但胚饱满的土芒作砧木。这些土芒多为单胚，生长旺盛。由于以上原因，作为砧木并不理想。至于适合作砧木的多胚品种，还需要通过嫁接亲和性、适应性、优质高产等试验来确定。

苗木主要用作砧木或育种试验。育苗所用种子应来自同一品种，采自成熟果实，种子应饱满、无病虫害。种子应尽快取出，因为芒果种胚对水分流失敏感，一旦干燥，发芽力会迅速下降。种子应剥去纤维皮和膜质层，用0.1%高锰酸钾溶液浸泡1分钟，取出晒干播种。播种基质最好用中粗河砂或蛭石，砂床厚度为30厘米。

如果是用过的苗床，用1%福尔马林水溶液彻底喷洒，盖上塑料薄膜24小时消毒，然后晾干24小时，气味散去。也可避光润湿后播种胚，使胚芽发芽。播种时将种胚平放，单胚使胚面向同一方向，排列紧密，行距15厘米。播种后覆盖一层2厘米厚的河沙或蛭石。如果没有覆盖塑料薄膜以保持湿润，则必须在温度高，空气湿度低的情况下每天浇水。如果覆盖物遮光保湿，可3-5天喷水一次，以免干透。在广州，6-10月播种，15-20天即可出苗。一般在长出3-5片红叶时移栽到秧田。每粒多胚种子可分出3-4株苗，大小不一的苗应略有分级，淘汰弱苗。单胚苗移栽时间可晚些。

为培育出优质苗木，最好用30-40厘米长的育苗袋和3公斤以上的土壤培育砧木苗进行嫁接。由于芒果须根少，套袋苗有利于移栽成活。在苗圃育苗的，应选择相对粘性的土壤，这样育苗时容易带泥球。移栽时，必须剪掉部分主根，留10厘米左右，或盘绕主根，促进侧根的发生。育苗袋的土质可以略带沙质，但由于施肥不如田间方便，应掺入足量的腐熟有机肥，以保证根系发育良好。苗木移栽后，继续遮荫，待叶片充分转录后，待枝条成熟后再进行充分光照。单胚种子也可直接用育苗袋播种。