木蒿的主要病害有病毒病、白粉病、霉菌、菌核病和灰霉病等。木蒿应避免长期连作，每3年换种一次，以防发生病虫害。秋冬季覆膜后，要注意棚内通风除湿，降低湿度，防止病害发生。

1、青蒿白粉病

主要为害叶和茎，叶上产生红色粉斑（分生孢子、分生孢子梗和菌丝体），展开后可达全叶。茎表面也长出白色粉状斑点。在晴间多雨、高温多露、多雾的天气，植株生长茂密的情况下，易发生病害，而且病害严重。

【防治方法】发病初期可用70%甲基托布津可湿性粉剂1000倍液、20%三唑酮乳油1500-2000倍液或10%苯醚甲环唑水分散粒剂1500倍液喷雾预防和治疗，每10天喷1次，连喷2-3次。

2. 核盘蒿

一般从近地面的茎开始，初呈褐色、水渍状，迅速向上向内膨胀，继而引起软腐病。受潮时，病部表面长出白色棉状菌丝和褐色鼠粪状菌核，最终导致全株死亡。植株生长弱或受低温影响。一般气温在20左右，空气相对湿度持续在90%以上。

【防治方法】发病初期可用40%核盘菌可湿性粉剂1000倍液、50%异菌脲800-1000倍液或40%嘧霉胺混悬剂800-1500倍液进行预防和防治。控制。 7-10天喷一次，连喷2-3次。

3.青蒿病毒病

多见花叶状和叶片坏死斑及大环状斑点，引起全株发病，叶片黄绿相间，形成花叶斑驳或局部散布的紫褐色坏死斑，或由轮状斑点组成小黄点。春秋季均有发生，秋季发生较重。一般天气干燥，蚜虫发生严重时，病毒病发生较重。

【防治方法】防治蚜虫时，可用植物双效增效剂（病毒K）喷施1.5%植物磷脂乳剂800倍液或20%盐酸吗啉铜可湿性粉剂300倍液。

4、青蒿灰霉病

发病初期每亩用2%腐霉利烟剂12粒，撒撒点燃，密闭棚内，熏蒸隔夜。

5. 木蒿

青蒿发病初期，在茎基部喷15%三唑酮乳油1500倍液，7-10天喷1次，连喷2次。