首先，长期使用抗生素预防感染可以使羊处于“依赖”抗生素的状态，从而无法主动调动免疫系统与病原微生物作斗争。随着时间的推移，免疫系统将失去免疫功能，因为它不能得到“刺激”和“锻炼”。一旦病原体入侵，就无法处理。 第二，一些抗生素会损害内脏。例如，四环素

首先，长期使用抗生素预防感染可以使羊处于“依赖”抗生素的状态，从而无法主动调动免疫系统与病原微生物作斗争。随着时间的推移，免疫系统将失去免疫功能，因为它不能得到“刺激”和“锻炼”。一旦病原体入侵，就无法处理。 第二，一些抗生素会损害内脏。如四环素、红霉素、灰黄霉素等，对肝脏有一定的毒性作用。如果肝脏受损，免疫球蛋白的产生功能就会下降，间接削弱身体的免疫功能。氯霉素等一些抗生素会导致白细胞减少甚至再生障碍性贫血。由于血液或骨髓中免疫活性细胞减少，免疫功能也会降低。 第三，由于过量服用抗生素，减少体内一些正常有益的细菌（如肠道双歧杆菌），导致局部保护减弱或消失，也会生病。链霉素、氯霉素、红霉素、头孢唑啉、多粘菌素B等抗生素可抑制免疫功能，削弱身体抵抗力。