选好土地后，即可进行整地工作。一般在秋季进行。首先，将林中的毛竹、茅草全部砍除，清理林地，不砍伐所有树木。根据树冠遮荫情况，一般应保证遮荫度在70%以上，对遮荫度大、密度过密的小树应予以砍伐。均匀和良好的阴影是原则。然后将土挖深1215厘米，将挖出的树根、竹根、草根、石头等杂物全部搬出林外，摊开晒干，然后熏蒸、将它们烧成烟土（火灰）以备后用。地挖好后先找平，然后开箱子（做床）。根据山势，床宽1.5米，沟宽20厘米，水深10厘米。自上而下开一条直沟，将沟底泥土掀起，将面条向两边折。犁沟的长度取决于地形。一般每隔810米开一条宽30厘米的横沟。横沟最好斜开，排水顺畅。垄沟做好后，可在林地四周开辟排水沟，防止大雨造成的山洪流入林内，破坏垄沟内的黄连苗。排水沟要宽一些，一般宽5060厘米，深30厘米。若种植面积较大，可在林内开辟12条主排水沟。挖沟时尽量避开树木，使排水畅通。垄沟原型准备好后，可施基肥，每公顷施腐熟肥、堆肥或土杂肥等有机肥4.5万7.5万公斤，施于垄面，然后浅施挖掘是为了将肥料与表土混合。再盖上熏土35厘米，犁沟成瓦背状。