处置蓝藻可以向池塘内洒入沸石粉，通常1亩洒入二十斤就可以，促进蓝藻絮凝，并每过三到四个小时，向全池洒入溶藻芽孢杆菌，或是侧孢芽杆菌，开展防治，留意杆菌的施用量为五百克1亩。水塘中氮磷的含量过低、过高，都是会造成蓝藻爆发性的成长，洒入无机磷到水塘中，可以转变水里氮磷的比率，加快硅藻、绿藻等有利藻类的迅速成长，从而来减轻蓝藻的繁殖。

可以在有蓝藻的水质中添加适量的活性碳，活性碳有着较为强的吸附性，它对藻类和藻类产生的毒素有非常好的效果。只不过水质中的有机物会影响到活性碳的吸附性，运用后收回艰难，处置的成本很高。还能够运用改良剂，改良剂可以促进水中漂浮的蓝藻产生凝聚体，从而沉降到水底，从而有效性地抑制植物释放影响到其余植物生长的有害物。